1. Si seleccionas texto, lo puedes pegar con un clic del middle button (muy útil en la consola)
2. Si quieres hacer autoscroll, un clic del middle button y el cursor cambiará, allí te puedes desplazar hacia arriba o abajo con sólo mover el mouse (muy útil en el navegador)

Una descripción mas detallada de sus características en este post de “Coding Horror”.

Buscando cómo configurarlo, me encontré con un reporte en el Bugzilla de Red Hat y con un Cómo en ThinkWiki. La solución consiste en crear un archivo del tipo “HAL device information file”.
Existen dos directorios dónde se pueden guardar estos archivos (con extensión .fdi)

/usr/share/hal/fdi <- Configuraciones por parte de la distribución
/etc/hal/fdi <- Configuraciones por parte del administrador

Cómo root crearemos nuestro “HAL device information file” en este último directorio

# vim /etc/hal/fdi/policy/mouse-wheel.fdi

Con este contenido

<match key="info.product" contains="TPPS/2 IBM TrackPoint">
 <merge key="input.x11_options.EmulateWheel" type="string">true</merge>
 <merge key="input.x11_options.EmulateWheelButton" type="string">2</merge>
 <merge key="input.x11_options.YAxisMapping" type="string">4 5</merge>
 <merge key="input.x11_options.XAxisMapping" type="string">6 7</merge>
 <merge key="input.x11_options.Emulate3Buttons" type="string">true</merge>
 <merge key="input.x11_options.EmulateWheelTimeout" type="string">200</merge>
</match>

Por último, cierra e inicia nuevamente la sesión en Gnome. Podrás observar que el "middle button" ya funciona. Si deseas hacer autoscroll, abre el navegador y visita alguna web, luego presiona el middle button, y sin soltarlo, mueve el trackpoint hacia arriba o abajo.